Bước 1: Tổ chức tôn giáo đề nghị cấp đăng ký pháp nhân phi thương mại cho tổ chức tôn giáo trực thuộc có địa bàn hoạt động ở một tỉnh có trách nhiệm gửi hồ sơ đề nghị đến Sở Dân tộc và Tôn giáo.

Bước 2: Sở Dân tộc và Tôn giáo xem xét hồ sơ đề nghị, trường hợp hồ sơ chưa đầy đủ, hợp lệ, Sở Nội vụ hướng dẫn trực tiếp hoặc thông báo qua thư điện tử, tin nhắn điện thoại hoặc văn bản cho tổ chức để bổ sung, hoàn thiện hồ sơ. Trường hợp từ chối tiếp nhận, giải quyết hồ sơ phải nêu rõ lý do. Thời gian hoàn thiện hồ sơ không tính vào thời hạn giải quyết.

Bước 3: + Sở Dân tộc và Tôn giáo phối hợp với các cơ quan liên quan thẩm định hồ sơ (nếu cần thiết), trình Ủy ban nhân dân cấp tỉnh. + Ủy ban nhân dân cấp tỉnh căn cứ Tờ trình của Sở Dân tộc và Tôn giáo chấp thuận hoặc không chấp thuận về việc cấp đăng ký pháp nhân phi thương mại cho tổ chức tôn giáo trực thuộc có địa bàn hoạt động ở một tỉnh và gửi kết quả giải quyết về Trung tâm Hành chính công của tỉnh hoặc Bộ phận Tiếp nhận và trả kết quả của Sở Dân tộc và Tôn giáo để trả cho tổ chức. Trường hợp không chấp thuận phải trả lời bằng văn bản và nêu rõ lý do.